Ο ευκολότερος τρόπος για να εξαπλωθεί ένα παθογόνο και να προκαλέσει κάποιο νόσημα εντός της εκτροφής είναι μέσω του πόσιμου νερού. Το μολυσμένο νερό μπορεί να επιβαρύνει το ανοσοποιητικό σύστημα και να προκαλέσει καταπόνηση και νόσημα λόγω της συνεχόμενης έκθεσης των ζώων σε υψηλό ρυθμό μόλυνσης. Παθογόνα όπως Salmonella, E coli, Streptococcus, ωοκύστες (κοκκιδίωση) κλπ μπορούν εύκολα να μεταφέρονται σε κάθε θάλαμο και κάθε ποτίστρα ή πιπίλα και τελικά να καταναλώνονται από τα ζώα.
Σε μία εφαρμογή ενός αυστηρού προγράμματος διαχείρισης της υγιεινής, ο καθαρισμός και η απολύμανση ενδεχομένως να είναι μάταιοι όταν δε δίνεται έμφαση στο πόσιμο νερό ή όταν η υγιεινή του νερού δεν περιλαμβάνεται καθόλου στο πρόγραμμα της υγιεινής.
Τα σημαντικότερα προβλήματα εμφανίζονται όταν οι σωληνώσεις του δικτύου παροχής νερού περιέχουν βιοφίλμ. Εντός του βιοφίλμ προστατεύονται επιζήμια παθογόνα όπου μπορούν να πολλαπλασιάζονται. Επιπλέον oi εναποθέσεις μετάλλων από σίδηρο, μαγγάνιο, ασβέστιο κλπ που εμφανίζονται λόγω της σκληρότητας του νερού καθιστούν ευκολότερη την πρόσφυση οργανικής ύλης συμπεριλαμβανομένων των βακτηρίων στο εσωτερικό των σωληνώσεων.
